Các độc tính chính khi dùng tiêm tĩnh mạch là độc cho thận (tổn thương thận) và độc thần kinh (tổn thương dây thần kinh),[5][6][7][8] nhưng với liều cao hơn nhiều so liều điều trị được đề xuất bởi nhà sản xuất hoặc không điều chỉnh liều cho bệnh nhân có bệnh thận. Tác động thần kinh và thận xuất hiện thoáng qua và giảm dần khi ngừng hoặc giảm liều.[9]

Ở liều 160 mg colistimethate tiêm tĩnh mạch mỗi tám giờ, rất hiếm thấy độc tính trên thận..[10][11] Thật vậy, colistin dường như ít độc hơn các aminoglucoside.[12]

Tác dụng phụ chính khi dùng dạng xịt là co thắ khí phế quản,[13] có thể dự phòng bằng đồng vận beta2 salbutamol[14] hoặc gây tê sau.[15]